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光学显微镜和电子显微镜的区别是：光学显微镜只看到了某些细胞结构，如细胞壁、叶绿体、染色后的染色体、线粒体、细胞核等，电子显微镜能够看见细胞器的内部结构以及象核糖体这样较小的细胞器。
电子显微镜所用的照明源是电子枪发出的电子流，而光学显微镜的照明源是能见光(日光或灯光)，因为电子流的波长远短于光波波长，故电子显微镜的放大及分辨率显著地高于光镜。
电子显微镜中起放大功效的物镜是电磁透镜(能在中央位置产生磁场的环状电磁线圈)，而光学显微镜的物镜则是玻璃研磨而成的光学透镜。电子显微镜里的电磁透镜共有三组，分别与光学显微镜中聚光镜、物镜和目镜的功能相当。
总之，光学显微镜看到细胞显微结构，电子显微镜能够看见亚显微构造。
扩展阅读长春光机所把中型电子显微镜移交给南京教学仪器厂(现江南光学仪器厂)生产，把大型电子显微镜交给上海精密医疗机械厂(现上海电子光学技术研究所)生产。
我们知道显微镜是一种可以放大物体的光学仪器,它允许我们观察肉眼无法直接看清的微小物体。根据工作原理的不同,显微镜可以分为光学显微镜、电子显微镜、扫描探针显微镜和超高压电子显微镜等。
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